El 21è Congrés Nacional, celebrat a Vilafranca del Penedès el novembre del 1996, escull una nova direcció que, encapçalada per Josep-Lluís Carod-Rovira com a Secretari General, canvia el rumb monotemàticament independentista portat fins aquell moment per Àngel Colom, i situa de nou ERC, sense renunciar a la construcció d'un estat propi, a l'esquerra del panorama polític. L'estratègia fructifica el 2003: a les eleccions municipals, ERC obté 414.000 vots (12,77%), 1.383 regidors i 116 alcaldies. A més, el partit té, per primera vegada, regidors al País Valencià.
A les eleccions al Parlament de Catalunya ERC obté el seu millor resultat de la història contemporània, amb 545.000 vots (23 escons, 16,44%), i es converteix en la força decisiva per articular un nou govern d'esquerres i catalanista.
El govern tripartit (PSC-ERC-ICV) esdevé una realitat el desembre de 2003, amb Pasqual Maragall (PSC) com a President i Josep-Lluís Carod-Rovira (ERC) com a Conseller en Cap. ERC també aconsegueix la Presidència del Parlament i cinc conselleries més: Benestar Social i Família; Comerç, Consum i Turisme; Ensenyament; Governació i Administració Pública, i Universitats, Recerca i Societat de la Informació.
L’entrevista de Josep-Lluís Carod-Rovira amb l’organització ETA, perquè aquesta abandoni la lluita armada, provoca un linxament mediàtic i polític del Secretari General d’ERC. La sortida de Carod-Rovira del Govern català, la seva posició com a Cap de llista a les eleccions espanyoles, l’atemptat de l’11-M a Madrid i la manipulació barroera per part del PP d’aquest fet sagnant provoca una mobilització ciutadana inèdita.
El desenllaç de les eleccions del 14 de març de 2004 comporta un nou rècord per a ERC, amb 640.000 vots (15,89%), 8 diputats i tres senadors electes, fet que suposa que ERC sigui la quarta força del Congrés, que obtingui Grup Parlamentari propi i que sigui el tercer grup del Senat a través de l'Entesa Catalana de Progrés. La renúncia a l’acta de diputat del Secretari General per preparar-se per a les eleccions catalanes del 2007 permet que Agustí Cerdà es converteixi en el primer diputat valencià de l’esquerra independentista.
Amb les eleccions europees del 13 de juny de 2004, ERC tanca el cicle electoral també doblant resultats respecte als comicis anteriors, ja que passa del 6,06% dels vots de 1999 al 12,8%. L’eivissenc Bernat Joan, cap de llista de la coalició Europa dels Pobles —integrada també, entre d'altres, per Eusko Alkartasuna i Chunta Aragonesista—, esdevé eurodiputat. ERC es converteix en la cinquena força a les Illes Balears (2,92% dels vots) i al País Valencià (0,91%).