En una intervenció al ple d'Estrasburg sobre la confrontació creixent entre la comunitat internacional i el règim iranià a causa del programa nuclear, Bernat Joan ha afirmat que "fins ara, l'estratègia de la Unió Europea vers el règim teocràtic de l'Iran no ha funcionat, ja que ara estem veient la pitjor cara d'un règim fonamentalista que trepitja els drets humans i mobilitza els seus, dins i fora del seu país, per anar contra la democràcia".

L'eurodiputat eivissenc, que és membre del grup Amics de l'Iran Lliure, ha afegit que "quan parlem de l'Iran, parlem també del futur de Síria i Líbia, del procés de pau entre Israel i Palestina, de democràcia o teocràcia, de valors universals o relativisme. Per això, és molt urgent i important que la comunitat internacional, i en especial la Unió Europea, busqui i recolzi moviments opositors al règim dels mul·lahs que puguin provocar un canvi des de dins. En aquest sentit, cal anar amb molt de compte amb intervencions exteriors que puguin enverinar encara més la situació".